Karantina deyimi Latince “Quadraquinta” yani 40 sayısından gelmektedir.
14. yüzyılda Venedik’te veba`nın ülkeye bulaşmasınI önlemek için, gelen gemiler 40 gün süreyle açıkta bekletilerek, kontrolden sonra karaya yanaştırılmış ve bu işleme karantina denilmiştir. Türkiye’de Zirai Karantina’ ya karşı ilk işlem 1875 yılında Sadaret Makamından yazılan bir yazıda Filokseralı yerlerden gelecek asma çubuklarının Ülkeye sokulmamasının emredilişidir.
Zirai karantina Müdürlükleri önceleri Ziraat Müdürlüğü bünyesinde Gümrük Karantina Laboratuarı iken 1953–1957 yılları arasında “Zirai Karantina ve Fumigatualar Mütehassıslığı” olarak Zirai Karantina çalışmaları yürütülmüştür. Daha sonra “Zirai Karantina ve Fumigatuar Müdürlüğü” olarak ayrı bir kuruluş statüsü kazanmıştır.
1966 yılından itibaren Bölge Zirai Karantina Müdürlüğü olarak görevlerini sürdürmüşlerdir.
1985 yılında Bakanlık bünyesindeki yeni düzenlemelerle Zirai Karantina Müdürlüğü adı altında faaliyetlerine devam etmiştir.