​

       Müdürlüğümüz 13.12.2010 tarihi itibarı ile yürürlükten kalkan 6968 sayılı Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Kanunu gereği 1957 yılında bir liman şehri olan üretim, ihracat ve ithalatın merkezi sayılabilecek bir konumda olan İskenderun' da kurulmuştur. Tüm Hatayda gerek liman bölgesinde gerekse sınır kapılarında hem ithalat hem ihracat aşamasında 1957'den beri sorunsuz ve başarılı olarak hizmet vermektedir. 

       Müdürlüğümüz İskenderun E-5 Karayolu üzerinde Tren Garı karşısında ve İskenderun Limanı karşısında yerleşik halde bulunmakta, kendi mülkiyetinde 10 dekarlık bir arazi içerisinde 2 katlı idare binası mevcuttur.​

       ​Müdürlüğümüz 6968 sayılı Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Kanunu yerine 13.12.2010 tarihi itibarı ile yürürlüğe giren 5996 sayılı Veteriner hizmetleri, Bitki Sağlığı, Gıda ve Yem Kanununa, bu kanuna bağlı olarak çıkarılan Yönetmelik ve Talimatlara göre Dış Karantina Hizmetleri vermektedir. ​

       Müdürlüğümüz, Hatay'ın her yerinden, İskenderun Limanından ve İskenderun körfezinde bulunan 6 adet Limandan, Yurt Dışına ihracatı yapılan,Yurt dışından ithalatı yapılan her türlü bitki ve bitkisel ürünler ile bu ürünlerin hazırlandığı, depolandığı, paketleme evi, antrepo, depo gibi yerleri, bu ürünlerin taşındığı, gemi, tır ve kamyonları Dış Karantina yönünden kontrolünü yapar. İhracatta uluslar arası geçerliliği olan bitki sağlık sertifikasını, ithalatta, izin belgelerini, Transitte, Transit İzin Belgelerini ve Raporları düzenler. Ayrıca, gerekli olduğu takdirde, ihraç, ithal, Re-export ve Transit geçen bitki ve bitkisel ürünler ile bunların  saklandığı, depo, antrepo gibi yerler ile bu ürünlerin taşındığı gemi ve tır gibi nakil vasıtalarını, bitki hastalık ve zararlılarına karşı fumigasyon (gaz ilaçlamasına) yaptırır.