Tarihi İpek Yolu üzerinde olan ilimiz, her devirde liman kenti ve ticaret merkezi olma özelliğini korumuştur. Trabzon ilimiz coğrafi ve sosyal yapısı gereği Kuzeye ve Orta Asya'ya açılan bir kapıdır. Yıllardan beri dış ticarette önemli bir yere sahip olan ilimizde, Sovyetler Birliğinin dağılması ile  ithalat ve özellikle ihracatta büyük artışlar görülmüştür. Bu durum, ilimizde Zirai Karantina Müdürlüğünün kurulmasını gerekli kılmıştır. Yapılan teklifler sonucu Bakanlar Kurulu,  99/13138 sayılı kararıyla, Trabzon İlinde Zirai Karantina Müdürlüğü kurulmasına karar vermiştir. Bu karar, 10.08.1999 tarih ve 23782 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.

Bu karar üzerine Trabzon Zirai Karantina Müdürlüğü, 02.06.2000 tarihinde Vilayet oluru ile resmen kuruluşu tamamlamıştır. Kuruluş tarihinden, 28.12. 2006 tarihine kadar İl Tarım Müdürlüğü'ne bağlı kuruluş olarak hizmet vermiştir.

Kurumumuz, 28.12.2006 tarihli Bakanlık Oluru ile Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'na doğrudan bağlı kuruluş olarak hizmet vermeye başlamıştır.

Bakanlığımız 03.06.2011 tarih ve 639 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile "Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı" olarak yeniden yapılandırılmıştır. Trabzon Zirai Karantina Müdürlüğü 03.06.2011 tarihinden itibaren de Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığına bağlı kurum olarak görevlerini sürdürmektedir.