​Karantina İtalyanca quarantina'dan gelmektedir.İlk olarak karantina şöyle uygulanmıştır.14.yüzyılda Venedik'te ülkeye bulaşmasından korkulan vebaya karşı; gelen gemiler karaya yanaştırılmamış açıkta 40 gün bekletilerek gerekli kontroller yapıldıktan sonra karaya çıkmalarına izin verilmiştir ve bu işleme KARANTİNA demişlerdir.

Zirai Karantina: İthale mani zararlı organizmaların belirlenmesi ile bitki,bitkisel  ürün ve diğer maddelerin ülkemize giriş ve çıkış işlemlerinde bitki sağlığı açısından tabi olacağı hususları ve çıkış işlemlerinde bitki sağlığı açısından tabi olacağı hususları ve yapılacak resmi kontrolleri kapsar.

05.05.1957 yılında 6968 Sayılı Kanun ile Zirai Mücadele ve Zirai Karantina Genel Müdürlüğü kurulmuştur.Zirai Karantina Müdürlükleri ilk olarak; İzmir, İstanbul, Mersin, Samsun, Trabzon, Antalya, Hatay İllerinde açılmıştır.

08/06/2011 tarihinde Kanun Hükmünde Kararname ile Artvin, Bursa, Ağrı, Ankara, Şırnak 'ta Zirai Karantina Müdürlüğü kurulmasına karar verilmiştir. Samsun Zirai Karantina Müdürlüğü ....... / ....... / ....... tarihinde İl Gıda Tarım ve Hayvancılık Müdürlüğünden ayrılarak  yeni binasında faaliyetlerine başlamıştır.   ​