​08.06.2011 tarih ve 27958 sayılı Resmi Gazetenin Mükerrer kısmında yayımlanan "Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'nın Teşkilat ve Görevleri Hakkındaki Bakanlar Kurulunun 639 sayılı Kanun Hükmünde Kararnamesi" kapsamında, Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü'ne bağlı kuruluşlar yeniden yapılandırılmış olup, bu kapsamda Ağrı Zirai Karantina Müdürlüğü kurulmuştur. 

Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü'nün 21.02.2014 tarihli ve 7406 sayılı yazıları ile uygun görülerek bu tarihten itibaren bitki sağlığına ilişkin dış karantina iş ve işlemleri Ağrı Zirai Karantina Müdürlüğü tarafından yürütülmeye başlanmıştır.​

2013 yılı Eylül ayında kurumsal kimliğini oluşturmaya başlayan, gerek Genel Müdürlüğümüz ile Daire Başkanlığımızın destekleri, gerekse kurum çalışanlarının özverili ve gayretli çalışmaları ile 6 ay gibi kısa bir sürede ülkemizin önemli bir sınır kapısında dış karantina faaliyetleri konusunda yetki alarak bu alandaki çalışmaları yürüten Ağrı Zirai Karantina Müdürlüğü, genç ve dinamik bir kurum olarak ve de yaptığı işin ülkesel boyuttaki önemini kavrayarak diğer Zirai Karantina Müdürlükleri arasında yerini almaya başlamıştır.